مسائل و مشکلات متعددی در بخش کشاورزی وجود دارد. ازجمله مسائلی که در حوزه «صنایع تبدیلی و تکمیلی بخش کشاورزی» می‌توان به آنها اشاره کرد، متناسب نبودن ظرفیت صنایع تبدیلی و تکمیلی کشاورزی موجود با میزان تولید محصولات کشاورزی در بسیاری از نقاط کشور است. همچنین اقدام اساسی برای برندسازی محصولات کشاورزی با هدف حضور موثر در بازار داخلی و جهانی صورت نگرفته است. در حوزه بسته‌بندی و افزایش ظرفیت نگهداری محصولات نیز ضعف شدید وجود دارد. تسهیلات بانکی برای توسعه صنایع وابسته به بخش کشاورزی تامین نشده و نیز در رابطه با صدور مجوزها و چگونگی اداره و توسعه صنایع تبدیلی بخش کشاورزی، تداخل وظایف بین وزارتخانه‌های کشاورزی و وزارت صنعت، معدن و تجارت وجود دارد.
درعین‌حال بالا بودن ضایعات کشاورزی در زنجیره تولید، به‌ویژه در مرحله پس از برداشت، فرسودگی کارخانه‌ها و ماشین‌آلات فرآوری بدون استفاده از فناوری روز دنیا، وجود تعداد زیاد طرح‌های نیمه‌تمام در حوزه صنایع تبدیلی بخش کشاورزی و بالاخره تامین نشدن سرمایه در گردش موردنیاز برای واحدهای صنایع موجود ازجمله دیگر مشکلات این بخش است.
برای بررسی بیشتر در خصوص مشکلات بخش کشاورزی می‌توان مشکلات حوزه‌ها را در موارد زیر مشاهده کرد.
متاسفانه در بخش «شیلات و آبزیان» تعهدات موضوع قانون برنامه‌های پنجم و ششم توسعه در رابطه با توسعه طرح‌های شیلات آبزیان به‌ویژه طرح پرورش ماهی در قفس (در دریا) اجرایی نشده است. همچنین ذخایر در نواحی ساحلی کشور به‌شدت کاهش یافته و برای حفظ و احیای آنها به‌ویژه در حوزه ماهیان خاویاری برنامه‌ریزی نشده است. آمار و اطلاعات غلط از میزان تولید محصولات شیلاتی ارائه می‌شود و با توجه به ظرفیت گسترده کشور برای توسعه آبزی‌پروری به‌خصوص در سواحل جنوب و شمال کشور، فعالیت سازمان شیلات در این زمینه بسیار محدود است و درواقع مجموعه تعطیل و دچار روزمرگی شده است.
در حال حاضر تسهیلات بانکی برای توسعه طرح‌های آبزی‌پروری تامین نشده و تعدادی از مدیران سازمان شیلات در پروژه‌های آبزی‌پروری وارد مشارکت غیرقانونی با بخش خصوصی شده‌اند. از طرفی مسائل زیست‌محیطی و بهداشتی در بسیاری از طرح‌های اجراشده موجود رعایت نمی‌شود و صیادان از روش‌های مخرب صید توام با قاچاق و خارج از فصل و نبود نظارت و برنامه‌ریزی در این رابطه بهره می‌برند.
اما در بخش «بازار» هم مسائل زیادی وجود دارد. نداشتن سامانه‌ای کارآ و مناسب و اثربخش برای اطلاع از نوع، میزان و زمان تولید محصولات مختلف کشاورزی در کشور، برای ساماندهی تولید و کنترل بازار و همچنین نبود برنامه‌ریزی برای صادرات محصولات مازاد و واردات محصولات و نهاده‌های کشاورزی موردنیاز ازجمله مسائل مهم این بخش است از سوی دیگر دیپلماسی برای توسعه صادرات و جذب سرمایه‌های خارجی در بخش کشاورزی کشور وجود ندارد و کاملا تعطیل است و بسیاری از محصولات کشاورزی یا به‌صورت فله‌ای صادر می‌شود یا روی دست کشاورزان مانده است. در کنار این موارد، ضعف مدیریت و حاکم شدن سیستم دلالی بر شبکه‌های توزیع و وجود مشکلات حاد در حوزه بازرگانی ازجمله تامین، توزیع و تنظیم بازار، این بخش را به چالش کشیده است.
ازجمله چالش‌های حوزه «زراعت و باغبانی» شامل ضعف برنامه‌ریزی برای کنترل و مهار خشکسالی از طریق اجرای طرح‌های کاهش مصرف آب و افزایش بهره‌وری و استفاده از بذور و درختان با نیاز آبی پایین و ارقام زودرس، ناتوانی در تدوین و اجرای برنامه الگوی کشت در استان‌ها؛ نداشتن برنامه و دغدغه برای حفظ خودکفایی و خوداتکایی در تولید محصولات استراتژیک؛ عدم تامین به‌موقع و به‌اندازه نیاز نهاده‌های موردنیاز ازجمله کود، بذر و سم و افزایش بی‌رویه قیمت نهاده‌ها؛ نداشتن نظارت کافی بر عملیات آماده‌سازی، کاشت، داشت و برداشت در طول فصل زراعی؛ ناهمگن بودن برنامه توسعه مکانیزاسیون در استان‌های کشور و بی‌توجهی به نیاز و ظرفیت مکانیزاسیون در بخش‌های مختلف کشاورزی در ایران؛ متناسب نبودن قیمت‌های تضمینی اعلام‌شده با قیمت تمام‌شده محصولات کشاورزی، رها کردن برنامه توسعه باغات و گیاهان دارویی در اراضی شیب‌دار، ضعف شدید در اجرای برنامه اصلاح و احیای باغات، رها کردن توسعه گلخانه‌ها در کشور با توجه به نقش و اهمیت آن در افزایش بهره‌وری مصرف آب، افزایش تصاعدی تولید و صادرات، ایجاد اشتغال پایدار و… و پرداختن به آمار و اطلاعات غلط و غیرواقعی از میزان توسعه این فعالیت در کشور ازجمله مهم‌ترین مشکلات این بخش است.
در بخش «تحقیقات، آموزش و ترویج» نیز باگذشت بیش از ۵۰ سال از عمر سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی و کثرت تعداد اعضای هیات‌مدیره این سازمان که بیشتر از وزارت علوم و تحقیقات هستند، هنوز نتوانسته‌اند به‌صورت کاربردی و بومی به نیاز کشاورزان، دامداران و… ازجمله افزایش تولید، مقاومت به آفات و بیماری‌ها، تنوع تولید، کاهش مصرف نهاده‌ها، کاهش هزینه‌ها و افزایش بهره‌وری، سازگاری با محیط و… پاسخ داده و نسخه‌ای مناسب برای بخش‌های مختلف و اقلیم‌های متفاوت ارائه دهند و صرفا به کپی‌برداری از دانش و تجربیات خارجی اکتفا شده و درواقع این بخش ناکارآمد و رها شده است.
در حوزه «اراضی، جنگل‌ها و مراتع» اجرایی نشدن طرح کاداستر و مستندسازی اراضی کشاورزی؛ نبود و توسعه تحقیقات کاربردی برای حفاظت و احیای جنگل‌ها و مراتع کشور؛ عدم ایجاد و استفاده از سامانه داده‌های مکانی، فناوری سازگار با منابع طبیعی در جهت برنامه‌ریزی، اجرا و پایش؛ همچنین تغییر کاربری مجاز و غیرمجاز اراضی کشاورزی در سال‌های اخیر در استان‌های تهران، البرز، مازندران، گیلان و… و وجود فساد گسترده در این حوزه از مهم‌ترین معضلات کنونی است.
در بخش «دام و طیور» نیز قیمت نهاده‌های واحدهای دام و طیور ازجمله ذرت،جو، کنجاله سویا و… به‌طور بی‌رویه افزایش یافته و عملکرد سامانه بازارگاه و ناتوانی در تامین نهاده‌های موردنیاز واحدهای دام و طیور ناکارآمد بوده است. اجرایی نشدن کامل طرح کاداستر و مستندسازی اراضی کشاورزی؛ نبود و توسعه تحقیقات کاربردی برای حفاظت و احیای جنگل‌ها و مراتع کشور؛ عدم ایجاد و استفاده از سامانه داده‌های مکانی، فناوری سازگار با منابع طبیعی در جهت برنامه‌ریزی، اجرا و پایش؛ همچنین تغییر کاربری مجاز و غیرمجاز اراضی کشاورزی و تعرض به منابع ملی و طبیعی، در بساری از استان‌ها ازجمله مشکلات دیگری است که ادامه این رویه برای کشاورزی کشور زیان‌بار و غیرقابل‌جبران است.
